Des chercheurs ont étudié cinq systèmes de culture du cacao en Bolivie. Parmi ceux-ci figuraient des monocultures biologiques et conventionnelles, des systèmes agroforestiers biologiques et conventionnels, ainsi qu’un système agroforestier en succession. L’essai s’est déroulé sur une période de 12 ans. La gestion biologique a entraîné une augmentation des teneurs en carbone et en azote du sol, ainsi qu’une élévation du pH. Elle a également entraîné une augmentation de la teneur en carbone labile. Ces améliorations ont été observées aussi bien dans les monocultures que dans les systèmes agroforestiers.
L'activité biologique du sol a suivi la même tendance. La respiration du sol et la minéralisation de l'azote ont atteint leur niveau maximal dans le système de succession. Ces deux processus sont restés au niveau le plus bas dans la monoculture conventionnelle. La richesse fongique a dépassé la richesse bactérienne dans tous les systèmes. Ce constat s’est vérifié sur l’ensemble du site d’essai. Les communautés fongiques variaient en fonction du type de gestion et de la diversité des cultures. Les communautés bactériennes variaient principalement en fonction du type de gestion, et non de la diversité.
Les espèces indicatrices associées à l'agriculture biologique présentaient une plus grande diversité taxonomique. Les espèces associées à l'agriculture conventionnelle présentaient une diversité moindre. La diversité des cultures n'avait, à elle seule, qu'un effet mineur sur les communautés microbiennes. La monoculture biologique s'est en effet révélée plus performante que l'agroforesterie conventionnelle selon plusieurs indicateurs de qualité des sols.
