Forscher untersuchten fünf Kakaoanbausysteme in Bolivien. Dazu gehörten ökologische und konventionelle Monokulturen, ökologische und konventionelle Agroforstwirtschaft sowie ein Sukzessions-Agroforstsystem. Der Versuch lief über einen Zeitraum von 12 Jahren. Durch die ökologische Bewirtschaftung stiegen der Kohlenstoff- und Stickstoffgehalt sowie der pH-Wert des Bodens an. Zudem erhöhte sich der Gehalt an labilem Kohlenstoff. Diese Verbesserungen zeigten sich sowohl in den Monokulturen als auch in der Agroforstwirtschaft.
Die biologische Bodenaktivität folgte dem gleichen Muster. Die Bodenatmung und die Stickstoffmineralisierung erreichten im Sukzessionssystem ihren Höchstwert. Beide Prozesse blieben in der konventionellen Monokultur auf dem niedrigsten Niveau. Die Pilzartenvielfalt übertraf in allen Systemen die Bakterienartenvielfalt. Dieser Befund galt für das gesamte Versuchsgelände. Die Pilzgemeinschaften unterschieden sich sowohl nach Bewirtschaftungsart als auch nach Kulturpflanzenvielfalt. Die Bakteriengemeinschaften unterschieden sich hauptsächlich nach Bewirtschaftungsart, nicht nach Vielfalt.
Indikatorarten, die mit ökologischer Bewirtschaftung in Verbindung stehen, wiesen eine höhere taxonomische Vielfalt auf. Arten, die mit konventioneller Bewirtschaftung in Verbindung stehen, zeigten eine geringere Vielfalt. Die Anbaudiversität allein hatte nur einen geringen Einfluss auf die mikrobiellen Gemeinschaften. Die ökologische Monokultur schnitt bei mehreren Messgrößen der Bodenqualität sogar besser ab als die konventionelle Agroforstwirtschaft.
