Los investigadores estudiaron cinco sistemas de cultivo de cacao en Bolivia. Entre ellos se incluían monocultivos ecológicos y convencionales, sistemas agroforestales ecológicos y convencionales, y un sistema agroforestal de sucesión. El ensayo se prolongó durante 12 años. La gestión ecológica aumentó el carbono, el nitrógeno y el pH del suelo. También incrementó el contenido de carbono lábil. Estas mejoras se mantuvieron tanto en los monocultivos como en los sistemas agroforestales.
La actividad biológica del suelo siguió el mismo patrón. La respiración del suelo y la mineralización del nitrógeno alcanzaron su máximo en el sistema de sucesión. Ambos procesos se mantuvieron en sus niveles más bajos en el monocultivo convencional. La riqueza fúngica superó a la riqueza bacteriana en todos los sistemas. Este hallazgo se mantuvo en todo el recinto experimental. Las comunidades fúngicas variaron tanto en función del tipo de gestión como de la diversidad de cultivos. Las comunidades bacterianas variaron principalmente en función del tipo de gestión, y no de la diversidad.
Las especies indicadoras relacionadas con la gestión ecológica mostraron una mayor diversidad taxonómica. Las especies relacionadas con la gestión convencional mostraron una menor diversidad. La diversidad de cultivos, por sí sola, solo tuvo un efecto menor sobre las comunidades microbianas. De hecho, el monocultivo ecológico obtuvo mejores resultados que la agrosilvicultura convencional en varios indicadores de calidad del suelo.
