Forscher verglichen vier Kakaoanbausysteme in Bolivien. Dazu gehörten konventionelle und ökologische Monokulturen sowie konventionelle und ökologische Agroforstsysteme. Sie erfassten über einen Zeitraum von sieben Jahren die Kohlenstoffvorräte, den Laubfall und die Schnittabfälle. Bis 2015 wiesen die Agroforstsysteme weitaus mehr oberirdischen Kohlenstoff auf als die Monokulturen. Die Agroforstwirtschaft erreichte 26 Mg C/ha. Monokulturen erreichten lediglich 7–8 Mg C/ha. Diese Differenz war auf die Schattenbäume zurückzuführen. Sie trugen bis zu 47% zum Gesamtkohlenstoffgehalt in den Agroforstparzellen bei.
Die Kakaobäume selbst erzählten eine andere Geschichte. Sie wuchsen in Monokulturen schneller als in der Agroforstwirtschaft. Bis 2015 überstieg die Kakao-Biomasse in Monokulturen diejenige in der Agroforstwirtschaft um das 1,5-Fache. Schatten und Konkurrenz haben das Wachstum der Kakaobäume in den Mischkulturen wahrscheinlich verlangsamt.
Der Laubfall hing von der Baumbeschaffenheit ab. Agroforstsysteme produzierten deutlich mehr Kohlenstoff aus Laub als Monokulturen. Die Bewirtschaftungsform – ökologisch oder konventionell – spielte dabei keine Rolle. Schnittabfälle trugen sogar noch mehr Kohlenstoff bei als der Laubfall. In allen Systemen trugen die Schnittabfälle mehr als doppelt so viel Kohlenstoff bei wie der Laubfall. In den Agroforstparzellen war der Großteil dieses Eintrags auf die Erythrina-Schattenbäume zurückzuführen.
Auch die Stickstoffflüsse sprachen für die Agroforstwirtschaft. Schnittabfälle lieferten bis zu zehnmal mehr Stickstoff als die Ausbringung von Kunstdünger. Leguminosen als Schattenbäume lieferten etwa die Hälfte dieses Stickstoffeintrags in Agroforstsystemen. Bei der organischen und der konventionellen Bewirtschaftung zeigten sich keine signifikanten Unterschiede hinsichtlich der gesamten Kohlenstoffspeicherung. Dies galt sowohl für Monokulturen als auch für Agroforstsysteme.
